Krankheitserreger schneller und genauer bestimmen
2021
Luxembourg Centre for Systems Biomedicine, Esch.sur-Alzette, Luxemburg
Die Autoren haben ein neues Bioinformatik-Tool entwickelt, das auf metagenomischen Daten basiert und ihnen hilft, Krankheitserreger viel schneller und genauer zu identifizieren, als dies mit herkömmlichen Diagnosemethoden jemals möglich war. Mit Hochdurchsatzmethoden sequenzieren sie alle Genomfragmente, die aus Proben gewonnen wurden, die möglicherweise pathogene Organismen enthalten. Das neue Bioinformatik-Tool PathoFact vergleicht diese Gensequenzen mit einer integrierten Datenbank. PathoFact identifiziert die Gene von Mikroorganismen, die für ihr pathogenes Potenzial oder - im Falle von Bakterien - für ihre Antibiotikaresistenz verantwortlich sind. Basierend auf diesem Wissen können die Forscher bestimmen, welche Krankheitserreger für eine Infektion verantwortlich sind, und in der zukünftigen klinischen Praxis geeignete Behandlungen vorschlagen. PathoFact hilft Wissenschaftlern außerdem, den Einfluss von Mikroorganismen auf das Auftreten chronischer Krankheiten wie Parkinson oder rheumatoider Arthritis besser zu verstehen.
PathoFact: a pipeline for the prediction of virulence factors and antimicrobial resistance genes in metagenomic data
Paul Wilmes
Eingestellt am: 11.05.2021
[1] https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-020-00993-9[2] https://www.bionity.com/en/news/1170101/pathofact-identifies-pathogens-faster-and-more-accurately.html
