Computertool unterscheidet zwischen Daten von Krebszellen und normalen Zellen
2021
The University of Texas MD Anderson Cancer Center, Houston, USA
Um eine große Herausforderung bei der Analyse großer Einzelzell-RNA-Sequenzierungsdatensätze zu bewältigen, haben Forscher eine neue Rechentechnik entwickelt, die eine genaue Unterscheidung zwischen Daten von Krebszellen und der Vielzahl normaler Zellen in Tumorproben ermöglicht.
Das neue Tool mit dem Namen CopyKAT (copy number karyotyping of aneuploid tumors) ermöglicht es, die komplexen Daten aus großen Einzelzell-RNA-Sequenzierungsexperimenten, die Genexpressionsdaten von vielen tausend einzelnen Zellen liefern, einfacher zu untersuchen.
CopyKAT nutzt diese Genexpressionsdaten, um nach Aneuploidie oder dem Vorhandensein von abnormalen Chromosomenzahlen zu suchen, was bei den meisten Krebsarten häufig vorkommt. Das Tool hilft auch bei der Identifizierung verschiedener Subpopulationen oder Klone innerhalb der Krebszellen.
Durch die Anwendung dieses Tools auf mehrere Datensätze konnten die Autoren zeigen, dass mit einer Genauigkeit von etwa 99 % eindeutig Tumorzellen gegenüber anderen Immun- oder Stromazellen in einer gemischten Tumorprobe identifizieren können.
Zunächst wurde die Eignung der Methode überprüft, indem dessen Ergebnisse mit Daten aus Sequenzierungen des gesamten Genoms verglichen wurden. Hier zeigte sich eine hohe Genauigkeit bei der Vorhersage von Änderungen der Kopienanzahl. In drei weiteren Datensätzen aus Bauchspeicheldrüsenkrebs, dreifach negativem Brustkrebs und anaplastischem Schilddrüsenkrebs zeigten die Forscher, dass CopyKAT genau zwischen Tumorzellen und normalen Zellen in gemischten Proben unterscheiden konnte.
Delineating copy number and clonal substructure in human tumors from single-cell transcriptomes
Nicholas E. Navin
Eingestellt am: 11.02.2021
[1] https://www.nature.com/articles/s41587-020-00795-2[2] https://www.technologynetworks.com/cancer-research/news/computational-tool-differentiates-between-data-from-cancer-cells-and-normal-cells-344666
