Verbesserte Erkennung von variablen Antikörperregionpeptiden durch Proteomik
2024
Erasmus University Medical Center, Rotterdam, Niederlande
Das polyklonale Repertoire zirkulierender Antikörper enthält möglicherweise wertvolle Informationen über den humoralen Immunzustand einer Person. Obwohl sich die Bottom-up-Proteomik gut für die Serumproteomik eignet, stellen die große Anzahl an Antikörpern und der dynamische Umfang des Serums eine Herausforderung für diese Analyse dar. Um das Serumproteom ausführlicher zu erfassen, wurden die Hochfeld-Asymmetrische Wellenform-Ionenmobilitätsspektrometrie (FAIMS) oder die zweidimensionale Chromatographie in die standardmäßige trypsinbasierte Bottom-up-Proteomik integriert. Dadurch erhöhte sich die Anzahl der mit variablen Regionen (VR) verbundenen Spektren mit FAIMS um das 1,7-fache und mit der Chromatographiefraktionierung um das 10-fache. Um Antikörper-VRs mit Spektren abzugleichen, wurden De-novo-Suche und BLAST-Ausrichtung kombiniert. Die Validierung dieses Ansatzes zeigte, dass mit zunehmender Peptidlänge die De-novo-Genauigkeit abnahm und die BLAST-Leistung zunahm. Durch In-silico-Berechnungen an Antikörper-Repository-Sequenzen wurde die Einzigartigkeit tryptischer VR-Peptide und ihre Eignung als Antikörper-Surrogat bestimmt. Ungefähr ein Drittel dieser Peptide war einzigartig und etwa ein Drittel aller Antikörper enthielten mindestens ein einzigartiges Peptid.
Improved detection of tryptic immunoglobulin variable region peptides by chromatographic and gas-phase fractionation techniques
Christoph Stingl
Eingestellt am: 08.07.2024
[1] https://www.cell.com/cell-reports-methods/fulltext/S2667-2375(24)00151-6
