Neuartiges In-Silico-Tool zur Untersuchung von Autoimmunerkrankungen im Zusammenhang mit COVID-19
2022
Gwangju Institute of Science and Technology (GIST), Gwangju, Südkorea
Es wurde über die Entwicklung von Autoimmunerkrankungen nach einer SARS-CoV-2-Infektion berichtet, einschließlich des Multisystem-Entzündungssyndroms, und es wurden mehrere Mechanismen vorgeschlagen, einschließlich molekularer Mimikry. Die Forscher entwickelten eine skalierbare, vergleichende Immuninformatik-Pipeline namens Cross-Reactive-Epitope-Search-Using-Structural-Properties-of-Proteins (CRESSP), um kreuzreaktive Epitope zwischen einer Sammlung von SARS-CoV-2-Proteomen und dem menschlichen Proteom zu identifizieren. Sie identifizierten 133 bzw. 648 menschliche Proteine, die potenziell kreuzreaktive B-Zell- bzw. CD8+-T-Zell-Epitope beherbergen. Um die Robustheit der Pipeline zu demonstrieren, sagten die Autoren die kreuzreaktiven Epitope von Coronavirus-Spike-Proteinen voraus, die von bekannten kreuzneutralisierenden Antikörpern erkannt wurden. Schließlich entwickelten sie eine Webanwendung (https://ahs2202.github.io/3M/), um diese Ergebnisse interaktiv zu visualisieren, und stellten die Pipeline als Open-Source-CRESSP-Paket (https://pypi.org/project/cressp /), die zwei beliebige Proteome von Interesse analysieren kann, um potenziell kreuzreaktive Epitope zwischen den Proteomen zu identifizieren. Insgesamt bieten diese immuninformatischen Ressourcen eine Grundlage für die Untersuchung der molekularen Mimikry in der Pathogenese von Autoimmun- und chronisch entzündlichen Erkrankungen nach COVID-19.
CRESSP: a comprehensive pipeline for prediction of immunopathogenic SARS-CoV-2 epitopes using structural properties of proteins
Jihwan Park
Eingestellt am: 08.09.2022
[1] https://academic.oup.com/bib/article-abstract/23/2/bbac056/6539139?redirectedFrom=fulltext&login=false[2] https://www.drugtargetreview.com/news/103193/a-novel-tool-for-studying-autoimmune-diseases-related-to-covid-19/?utm_source=Email+marketing&utm_medium=email&utm_campaign=DTR+-+Industry+Insight+-+Thermo+Fisher+-+Lab+Automation+-+03.06.22&utm_term=New+machine+learning+technique+to+develop+new+drugs&utm_content=https%3a%2f%2femails.drugtargetreview.com%2frussellpublishinglz%2f&gator_td=7fjQZ2dXMWRo0TTxTaLpc66pHkJKGkKovqljZfpFAQtYmgCox7oSCPkwyS0dW%2fn%2fKqMgmIelmMI9oCi6z2C2BO9eSFqg0i8omoxtQQX%2bwNDC4uIwGaBMLvT9CYYIm1MRfEm2ten9tDa%2fU6sq9joEKKOZdVqewEGCiAbt%2fxUmmqoEndZXCK7lY7bS%2f6qzaJUeAwV2LyXy3%2fJOIiojxP%2bRFiK%2f0wRrZIkFysWMnBBriDik%2f7e2HZjFioejerenphzs0WlymulB0FHkBXBOFRlPKQ%3d%3d
