Hochdurchsatz-Transkriptomik-Plattform für das Screening von Umweltchemikalien
2021
U.S. Environmental Protection Agency, Durham, USA
Um die Risikobewertung von Chemikalien zu beschleunigen, müssen unbedingt neue Methoden (NAMs) entwickelt werden, die effizient Informationen über chemische Gefahren liefern. In der vorliegenden Studie zielten die Forscher darauf ab, die Leistungsfähigkeit eines neuen Ganztranskriptom-Sequenzierungstests namens TempO-Seq zu nutzen und ihn für ein umfassendes und effizientes Bioaktivitätsscreening von Umweltchemikalien einzusetzen. Die Forscher verwendeten die menschliche Zelllinie MCF7 als biologisches In-vitro-Modell. Das Versuchsdesign umfasste eine kleine Sammlung bekannter Chemikalien, um robuste Labor- und Bioinformatik-Workflows für die Generierung von Hochdurchsatz-Transkriptomdaten durch TempO-Seq in Konzentrations-Wirkungs-Beziehungen zu entwickeln, die für die parallele Prüfung von Tausenden von Chemikalien skaliert werden können. Alle bioinformatischen Arbeitsabläufe wurden mit Open-Source-Tools erstellt, um die Einführung der Technologie zu erleichtern. Der neu entwickelte Assay wurde validiert und mit bestehenden Methoden verglichen. Zusammenfassend lässt sich sagen, dass die Studie zu einem neuartigen und skalierbaren In-vitro-Transkriptomik-Workflow geführt hat, der sich für die Gefahrenbewertung von Umweltchemikalien im Hochdurchsatz eignet.
High-throughput transcriptomics platform for screening environmental chemicals
Joshua A Harrill
Eingestellt am: 22.12.2021
[1] https://academic.oup.com/toxsci/article-abstract/181/1/68/6128532
