Genomanalyse von Östrogenrezeptor-assoziiertem Brustkrebs
Dezember 2016
University of Pittsburgh, Pittsburgh, USA(1)
University of Pittsburgh Cancer Institute, Pittsburgh, USA(2)
University of Pittsburgh Cancer Institute, Pittsburgh, USA(2)
Es ist bekannt, dass Östrogenrezeptoren über DNA-Bindungsmechanismen entscheidend für Brustkrebs sind und zu transkriptomischen und phänotypischen Veränderungen führen. Daher könnten einzelne Nukleotidvarianten in Östrogenrezeptor-Bindungsstellen am Fortschreiten der Krankheit beteiligt sein. Hier wird eine computergestützte Analyse zur Identifizierung von Einzelnukleotidvarianten in Östrogenrezeptor-Bindungsstellen anhand von Chromatin-Immunpräzipitations-Sequenzierungsdaten aus verschiedenen Brustkrebsmodellen durchgeführt und mit menschlichen Brustkrebszellen weiter validiert, um allelspezifische Bindungen zu identifizieren. Bei der Analyse wurde eine intronische Einzelnukleotidvariante identifiziert, von der angenommen wird, dass sie die Östrogenrezeptorbindung erhöht, und die experimentell validiert wurde. Darüber hinaus korrelierten 17 regulatorische Einzelnukleotidvarianten mit der Expression benachbarter Gene bei Östrogenrezeptor-assoziiertem Brustkrebs, von denen der GSTM1-Promotor der wichtigste Kandidat war und sich als zusammenhängend mit einer höheren Expression von GSTM1 in Östrogenrezeptor-assoziierten Tumoren und einem besseren Outcome der Patienten erwies. Insgesamt haben die Forscher eine computergestützte Methode entwickelt, mit der sich wichtige Einzelnukleotidvarianten untersuchen und aufklären lassen, die potenziell Zielgene regulieren können, die für den Ausgang von Brustkrebs bei Patientinnen von Bedeutung sind.
Non-coding single nucleotide variants affecting estrogen receptor binding and activity
Adrian V Lee(1), Steffi Oesterreich(2)
Eingestellt am: 12.10.2021
[1] https://genomemedicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13073-016-0382-0[2] https://data.jrc.ec.europa.eu/dataset/ffebe454-ed9a-47cf-8a33-8cf70c1b7d38
