Hochdurchsatzverfahren für die phänotypische Analyse menschlicher Zellen, die in vitro kultiviert werden
2016
Broad Institute of Harvard and MIT, Cambridge, USA(1)
Recursion Pharmaceuticals, Salt Lake City, USA(2)
Recursion Pharmaceuticals, Salt Lake City, USA(2)
Die Hochdurchsatzmikroskopie ist eine besonders fruchtbare Art des phänotypischen Screenings. Die meisten groß angelegten Bildgebungsexperimente extrahieren jedoch nur ein oder zwei Merkmale von Zellen und/oder zielen darauf ab, nur einige wenige "Treffer" in einem Screening zu identifizieren, was bedeutet, dass große Mengen an quantitativen Daten über den Zellzustand ungenutzt bleiben. In der vorliegenden Studie haben die Forscher eine Methode namens Cell-Painting-Assay entwickelt, bei der es sich um eine verallgemeinerbare und breit anwendbare Methode für den Zugang zu den wertvollen biologischen Informationen über den Zellzustand handelt, die in der Morphologie enthalten sind. Der Test wurde mit einer Reihe von weit verbreiteten menschlichen Zelllinien und zwei Primärzellen entwickelt, die alle in vitro kultiviert wurden. Die Zellen werden in Multiwell-Platten kultiviert, mit den zu prüfenden Behandlungen manipuliert, gefärbt, fixiert und mit einem Hochdurchsatzmikroskop abgebildet. Die Forscher verwendeten sechs fluoreszierende Färbungen, die acht zelluläre Komponenten oder Kompartimente in einem einzigen mikroskopischen Assay aufzeigen. Automatisierte Bildanalyse-Pipelines extrahieren ~1.500 morphologische Merkmale aus jeder gefärbten und abgebildeten Zelle, um Profile zu erstellen. Die Profile werden dann miteinander verglichen und ausgewertet, um die jeweilige biologische Frage zu beantworten. Zusammenfassend lässt sich sagen, dass die Studie eine neue Methode für eine umfassende Phänotypisierung bei Einzelzellauflösung im Hochdurchsatzverfahren darstellt.
Cell Painting, a high-content image-based assay for morphological profiling using multiplexed fluorescent dyes
Anne E Carpenter(1), Christopher C Gibson(2)
Eingestellt am: 22.12.2021
[1] https://www.nature.com/articles/nprot.2016.105