Systematische Verzerrungen bei der referenzbasierten fragmentomischen Profilierung von plasmazellfreier DNA
2024
Shenzhen Bay Laboratory, Shenzhen, China
Fragmentierungsmuster von plasmazellfreier DNA (cfDNA) sind neue Richtungen in der Krebs-Flüssigbiopsie mit hoher translationaler Bedeutung. Herkömmlicherweise werden die cfDNA-Sequenzierungsablesungen an einem Referenzgenom ausgerichtet, um ihre fragmentomischen Merkmale zu extrahieren. In dieser Studie wurden durch cfDNA-Fragmentomics-Profiling unter paralleler Verwendung verschiedener Referenzgenome für dieselben Datensätze systematische Verzerrungen in solchen herkömmlichen referenzbasierten Ansätzen festgestellt. Die Verzerrungen in den fragmentomischen Merkmalen von cfDNA variieren je nach ethnischer Herkunft probenabhängig und können daher die Leistung von Krebsdiagnosetests in mehreren klinischen Zentren nachteilig beeinflussen. Um die analytischen Verzerrungen zu umgehen, wurde außerdem Freefly entwickelt, ein referenzfreier Ansatz für das cfDNA-Fragmentomics-Profiling. Freefly läuft etwa 60-mal schneller als der herkömmliche referenzbasierte Ansatz und erzeugt dabei äußerst konsistente Ergebnisse. Darüber hinaus können die von Freefly gemeldeten fragmentomischen Merkmale von cfDNA direkt zur Krebsdiagnose verwendet werden. Daher besitzt Freefly translationalen Wert für die schnelle und unvoreingenommene Messung der cfDNA-Fragmentomik.
Systematic biases in reference-based plasma cell-free DNA fragmentomic profiling
Kun Sun
Eingestellt am: 08.07.2024
[1] https://www.cell.com/cell-reports-methods/fulltext/S2667-2375(24)00149-8
