Rahmenbedingungen für die Organisation und Variation menschlicher Stammzellen
2023
Allen Institute for Cell Science, Seattle, USA
Zu verstehen, wie eine Untergruppe exprimierter Gene den zellulären Phänotyp bestimmt, ist aufgrund der großen Anzahl beteiligter Moleküle, ihrer Kombinatorik und der Fülle zellulärer Verhaltensweisen, die sie bestimmen, eine erhebliche Herausforderung. Hier reduzierten die Forscher diese Komplexität, indem sie sich auf die zelluläre Organisation – ein Schlüsselindikator und Treiber des Zellverhaltens – auf der Ebene wichtiger Zellstrukturen konzentrierten, die unterschiedliche Organellen und Funktionseinheiten darstellen. Sie generierten den WTC-11 hiPSC Single-Cell Image Dataset v1, der mehr als 200.000 lebende Zellen in 3D enthält und 25 wichtige Zellstrukturen umfasst. Umfang und Qualität dieses Datensatzes ermöglichten die Schaffung eines verallgemeinerbaren Analyserahmens, um Rohbilddaten von Zellen und ihren Strukturen in dimensionsreduzierte, quantitative Messungen umzuwandeln, die von Menschen interpretiert werden können, und um die Datenexperimente zu erleichtern. Dieser Rahmen berücksichtigt die enorme Variabilität von Zelle zu Zelle, die innerhalb einer normalen Population beobachtet wird, erleichtert die Integration von Zell-für-Zelle-Strukturdaten und ermöglicht quantitative Analysen unterschiedlicher, trennbarer Aspekte der Organisation innerhalb und über verschiedene Zellpopulationen hinweg.
Integrated intracellular organization and its variations in human iPS cells
Susanne M. Rafelski
Eingestellt am: 05.06.2023
[1] https://www.nature.com/articles/s41586-022-05563-7
